Berdasarkan Peraturan Bupati Sleman Nomor 13 Tahun 2024 tentang RSUD Prambanan, mempunyai fungsi sebagai berikut:
- penyusunan rencana kerja RSUD Prambanan;
- perumusan kebijakan teknis penyelenggaraan pelayanan kesehatan;
- penyelenggaraan pelayanan pengobatan dan pemulihan kesehatan sesuai standar pelayanan rumah sakit;
- pemeliharaan dan peningkatan kesehatan perorangan melalui pelayanan yang paripurna;
- peyelenggaraan pengembangan sumber daya manusia kesehatan melalui pelayanan pendidikan dan pelatihan teknis sumber daya manusia kesehatan serta fasilitasi penelitian;
- evaluasi dan pelaporan penyelenggaraan pelayanan kesehatan;
- pelaksanaan kesekretariatan rumah sakit; dan
- pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh Kepala Dinas sesuai tugas dan fungsinya dan/atau sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.