Instalasi Laboratorium Laboratorium RSUD Prambanan merupakan salah satu unit penunjang medis yang mempunyai tujuan untuk memberikan pelayanan pemeriksaan penunjang medis guna penegakkan diagnosis penyakit, penyembuhan penyakit, menentukan resiko, memantau perkembangan, monitoring pengobatan dan pemulihan kesehatan yang berkaitan dengan kesehatan seseorang. Instalasi Laboratorium RSUD Prambanan melayani pemeriksaan setiap harinya selama 24 jam. Hasil laporan laboratorium dapat diperoleh dengan cepat dan akurat, sehingga memudahkan pasien dalam menjalankan pemeriksaan. Layanan laboratorium RSUD Prambanan menyediakan pelayanan laboratorium/ patologi klinik meliputi : kimia klinik, hematologi, Serologi/imunologi Baktreriologi Analisa Cairan Urine Tinja/Feses Narkoba Pelayanan Pemeriksaan Patologi Anatomi Melalui Kerjasama Pelayanan