Instalasi Farmasi Rumah Sakit adalah suatu unit di rumah sakit yang merupakan fasilitas penyelenggaraan kefarmasian di bawah pimpinan seorang Apoteker dan memenuhi persyaratan secara hukum untuk mengadakan, menyediakan, dan mengelola seluruh aspek penyediaan perbekalan kesehatan di rumah sakit.
Instalasi Framasi RSUD Prambanan saat ini memeliki tenaga Profesional kefarmasian, terdiri atas 1 apoteker penanggung jawab didampingi 6 orang Apoteker pendamping beserta 16 tenaga teknis kefarmasian.
Instalasi farmasi Rumah Sakit Umum Daerah Prambanan melayani pasien setiap harinya selama 24 jam, layanan yang diberikan berupa pelayanan obat untuk pasien Rawat Jalan, pasien Rawat Inap, dan pasien IGD, pelayanan pemberian informasi obat, dan tatacara penggunaannya kepada pasien dan keluarga pasien.