Rumah Sakit pada era JKN dituntut untuk memberikan pelayanan yang bermutu. Salah satunya melalui sistem mutu ISO. Sistem mutu ISO telah diberlakukan sejak Mei 2014 dengan versi ISO 9001:2008. Untuk meningkatkan sistem mutu dilakukan Upgrade ISO dari versi 9001:2008 ke versi 9001:2015. Sebelum proses sertifikasi upgrade versi, RSUD Prambanan telah melaksanakan Workshop standar ISO versi 9001:2015 dengan narasumber SGS tanggal 7-9 Agustus 2017 di Hotel Jayakarta Yogyakarta, dan diikuti 54 peserta internal yang merupakan perwakilan Ruang, Unit dan Instalasi. SGS telah melaksanakan sertifikasi upgrade selama 3 hari (20-22 November 2017 ) dengan dua auditor.
Senin (20/11) hari pertama audit sertifikasi ISO upgrade versi dengan auditor dr. Zein Reynaldi. Dalam acara opening meeting auditor menyampaiakan hari pertama audit difokuskan pada dokumen, untuk melihat perubahan dan penambahan standar yang dipersyaratkan pada versi 9001:2015.
Pelaksanaan Audit hari kedua (21/11) dilakukan oleh dua auditor yaitu dr. Zein Reynaldi dan dr Ratiningsih dengan area audit sesuai yang terjadwal. dr Zein Renaldy melakukan audit di instalasi Gizi, Farmasi dan Gudang obat serta Poli Mata. dr Ratiningsih melakukan audit ke Instalasi IGD, unit Sterilisasi, ruang perawatan Sambisari. Selain risk assesmen yang difokuskan pada audit dokumen, auditor juga melakukan telusur lapangan untuk melihat penerapan standar ISO versi 9001:2015.
Pelaksanaan Audit hari ketiga (22/11) yaitu area MR, TU, Sanitasi & Laundry, IPSRS dan RM. Saat acara closing meeting pihak SGS menyampaikan temuan dan rekomendasi selama pelaksanaan audit, temuan-temuan tersebut harus segera diperbaiki untuk meningkatkan mutu. Kesimpulan dari Audit SGS selama pelaksanaan ISO versi 9001:2015, tidak ditemukan kategori critical (mayor). Sehingga RSUD Prambanan dinyatakan lulus dengan memperoleh Sertifikat ISO 9001:2015.